Di kalangan Puak-puak Syiah, mereka berselisih pendapat sesama sendiri sehingga berpecah kepada beberapa kumpulan. Walau bagaimanapun, satu perkara yang menyatukan mereka adalah pandangan mereka terhadap Imam bagi Saidina Ali r.a. dengan cara dalil nas dan juga wasiat dari Rasulullah SAW samada dalam bentuk terus terang mahupun cara tersembunyi. Imam ini kemudian diwarisi turun temurun kepada Saidina Ali r.a.

Antara faktor yang membawa kepada perpecahan mereka adalah perbezaan dari segi prinsip dan ajaran-ajaran seperti bersikap ekstrim sehingga memberikan Imam-imam sifat suci dan keterlaluan mengkafirkan pihak yang berselisih dengan Saidina Ali r.a. dan kumpulannya. Manakala setengah pihak yang lain lebih bersikap sederhana dengan hanya menganggap mereka yang menyalahi Saidina Ali r.a. adalah salah, tetapi bukan kafir.

Faktor perpecahan Syiah yang kedua adalah perbezaan dalam menentukan imam. Mereka berselisih pendapat tentang siapa imam-imam di kalangan keturunan Saidina Ali r.a. Oleh kerana perpecahan ini, para ulama membahagikan mereka kepada 4 Kumpulan besar mengikut aqidah dan pegangan setiap puak. Mereka dikategorikan berdasarkan aqidah dan pegangan yang sama seperti berikut.

1. Ghulat ( Pelampau)

Mereka adalah kumpulan yang berpegang bahawa Saidina Ali adalah manusia yang paling utama selepas Rasulullah SAW. Bukan sekadar itu sahaja, mereka menambah dalam aqidah mereka apa yang menyebabkan mereka terkeluar daripada Islam. Sebahagian mereka mengangkat Saidina Ali ke tahap kenabian, sebahagian lain menjadi terlalu ekstrim sehingga mengangkat Saidina Ali ke tahap ketuhanan.

Termahsyur dari kumpulan ini ialah 11 puak, iaitu :-

As- Saba'iah, Al-Kamiliah, Al-'Ali-iah, Al- Mughiriah, Al-Mansuriah, Al-Khitabiah,Al-kibalah, Al- Hisyamiah, Al- Ni'maniah, Al-Yunusiah, dan Al-Nasiriah.

2. Al-Kaisaniah

Mereka adalah pengikut Kaisan Maula Amirul Mukminin Ali, murid kepada As-Sayyid Muhammad bin Al-Hanafiah. Mereka berpegang bahawa Muhammad bin Al-Hanafiah adalah imam. Mereka juga mengatakan harus bagi Allah mempunyai satu permulaan wujud. Menurut mereka agama itu adalah ketaatan seseorang itu. Pendirian begini menjadikan mereka melampau terhadap hak-hak imam sehingga menganggap bahawa para imam adalah suci.

Kumpulan ini terbahagi kepada Al-Mukhtariah, Al-Hasyimiah, Al-Bananiah dan Al-Rizamiah.

3. Al- Zaidiah

Mereka adalah pengikut-pengikut Zaid bin Ali bin AL-Husain bin Ali bin Abu Thalib. Mereka digelar sebagai Zaidiah kerana mereka berpegang kepada kata-kata Zaid bin Ali yang mengutamakan Ali bin Abu Thalib lebih daripada sahabat-sahabat Rasulullah SAW yang lain. Beliau juga memperakui Abu Bakar dan Umar sebagai Khalifah dan berpendapat bahawa harus bagi umat Islam menentang imam-imam yang zalim. Apabila beliau berada di kalangan pengikut-pengikutnya dan mendengar ada yang mencela Abu Bakar dan Umar, beliau mengingkari orang yang mencela itu. Mereka yang telah memberi bai'ah kepadanya meninggalkannya. Nama Zaidiah kekal diberi kepada pengikut-pengikut yang setia bersamanya.

Imam pada pegangan puak ini adalah daripada keturunan Fatimah dan tidak boleh berpindah kepada selain dari keturunan Fatimah. Mereka mengharuskan imam selain daripada keturunan Al-Hasan dan Al-Husain dengan syarat seorang itu mesti berilmu,zuhud, berani dan pemurah yang wajib ditaati. Mereka adalah puak Syiah yang mempunyai pegangan yang paling hampir kepada Ahli Sunnah kerana mereka menerima khalifah Abu Bakar dan Umar kecuali satu kumpulan daripada mereka yang dinamakan Al-Jarudiah.

Puak yang mahsyur daripada kumpulan ini Al-Jarudiah, Al-Sulaimaniah, Al-Solihiah dan Al-Banziah.

4. Al-Imamiah

Mereka adalah orang yang berpegang kepada pendapat bahawa Ali adalah imam selepas Rasulullah SAW dengan cara dalil nas yang jelas menyebut nama Ali. Asy-Syahrastani mendefinisikan mereka dalam buku al-malal dan Al-Nahl dengan berkata; "...Al-Imamiah adalah mereka yang berpendapat bahawa Ali adalah Imam selepas Rasulullah SAW dengan cara dalil nas yang jelas dan bukan dengan cara isyarat dengan sifat-sifat tertentu tetapi dengan lantikan yang jelas..."

Di antara kumpulan-kumpulan Syiah Al-Imamiah ialah :-

Al-Imam dua belas : Mereka dinamakan demikian kerana mereka mempercayai bahawa terdapat 12 imam selepas Rasulullah SAW. Imam-imam ini bagi mereka merupakan kebanyakan Imam-imam Syiah di kalangan puak Syiah di dunia sekarang yang dikenali sebagai Al- Imamiah ia bererti Imam dua belas.

Al-Ismailiah : Mereka adalah puak Syiah yang berpendapat bahawa imam selepas Jaafar adalah anaknya Ismail bin Jaafar. Selepas kematian Ismail mereka berpecah menjadi dua kumpulan. Pertama adalah kumpulan yang menunggu-nunggu kemunculan Ismail bin Jaafar kerana mereka percaya bahawa Ismail tidak mati. Kumpulan kedua pula mempercayai bahawa imam selepas jaafar adalah Muhammad bin Ismail kerana Jaafar telah melantik anaknya sebagai Imam selepasnya. Apabila Ismail meninggal dunia semasa ayahnya masih hidup mereka percaya bahawa Jaafar melantik anaknya Ismail sebagai imam sebenarnya untuk menunjukkan bahawa imam selepasnya sebenarnya adalah Muhammad bin Ismail. Kemudian mereka berpecah menjadi kumpulan yang banyak dengan pandangan yang pelbagai. Mereka juga mempunyai gelaran yang banyak. Di antara yang termahsyur adalah Al-Bathiniah kerana bagi mereka setiap hukum yang zahir ada batinnya atau kerana mereka berpendapat bahawa imam juga wujud dalam keadaan batin atau terselindung.